Usap nasofaring memiliki beberapa keunggulan dibandingkan usap orofaringeal:

1. Usap nasofaring dapat bertahan lama di faring untuk mendapatkan sampel yang lebih banyak, itulah sebabnya tingkat positif usap nasofaring lebih tinggi daripada usap orofaring.
2. risiko paparan sampel usap nasofaring lebih rendah daripada usap orofaring, karena kita dapat berdiri di belakang pasien saat mengambil sampel, dan meminta pasien untuk menurunkan masker untuk hanya memperlihatkan lubang hidung dan menutupi mulut, dan tidak perlu melihat langsung ke rongga mulut pasien. Dan hampir tidak ada refleks faring dengan usap nasofaring, beberapa pasien mungkin memiliki refleks bersin setelah pengambilan sampel, dan pasien dapat ditutupi dengan siku atau tisu, dan karena sampel tidak langsung berada di depan pasien. Risiko paparan usap nasofaring relatif lebih rendah, mengurangi tekanan psikologis dari sampel.

Kerugian dari usapan nasofaring adalah pasien dengan usapan oral dan faring memiliki ketakutan psikologis yang lebih besar, dan para pengambil sampel memiliki pelatihan yang lebih profesional.

Baik untuk pengambilan sampel usap nasofaring maupun usap orofaring, Kedalaman pengumpulan dan durasi kontak dengan mukosa adalah poin-poin utama . Jika usapan nasofaring tidak diambil di bagian dalam rongga nasofaring, pasien akan mengalami reaksi muntah yang kuat saat mengambil usapan orofaring, yang menyebabkan waktu pengambilan sampel tidak mencukupi. Pada saat ini, sebagian besar sel yang mungkin diambil adalah sel bebas virus, yang dapat menyebabkan "negatif palsu". Ini mungkin juga menjadi salah satu alasan mengapa pasien dengan uji asam nukleat negatif tampak positif asam nukleat lagi selama pemeriksaan ulang. Dalam sebuah penelitian di Tiongkok, metode NPA dan OPS dibandingkan, literatur pengambilan sampel pernapasan SARS, MERS, dan H1N1 ditinjau, dan disimpulkan bahwa di antara semua metode pengambilan sampel saluran pernapasan atas, usapan nasofaring dan usapan orofaring (NS+OPS) adalah yang paling tidak berbahaya bagi staf medis.